乳腺癌是一种高度异质性的肿瘤，传统的病理形态学分型在目前的临床实践中已逐渐显示出其不完善性。随着人类基因组计划的完成及分子生物学技术的应用，以肿瘤形态学结合基因表达特征的“分子分型概念”已被学者们所认同。
乳腺癌各分子亚型基因表型及临床病理学特点
Luminal A型：是乳腺癌最常见的分子亚型，发病率为44.5%-69.0%。ER和/或PR +，Her-2–，预后最好。内分泌治疗效果最佳。
常采用内分泌治疗（±化疗）。绝经前常选择三苯氧胺，药物性去势药物诺雷德。绝经后常选择芳香化酶抑制剂，如阿那曲唑、来曲唑等。
Luminal B型：luminal B型为7.8%，ER和/或PR+，Her-2+，内分泌治疗仍有效，预后较好。Luminal B型乳腺癌由于HER2表达阳性，对他莫昔芬的反应性低于luminal A型，但改用其他作用机制的内分泌治疗仍有效。
治疗常采用化疗+内分泌治疗+靶向治疗。
Her-2过表达型：发病率为14.7%，ER和/或PR–，Her-2+，内分泌无效，化疗效果较好，并且是HER2靶向治疗药赫塞汀治疗的适应病例，HER2(+)型乳腺癌对于环磷酰胺联合蒽环类(AC)化疗方案的疗效明显优于luminal型，前者的临床缓解率可达70%，而后者为47%。该型虽然对化疗较为敏感，临床预后较差。
常采用化疗+靶向治疗，使用1年赫赛汀治疗能使复发相对风险降低52%，3年无病生存增加12%。
Basal-like型：发病率为17.1%，ER和/或PR–，Her-2–，内分泌无效，化疗效果好，预后最差。其转移多发生于内脏及中枢神经系统。
治疗选择化疗。在接受术前新辅助化疗(AC)的乳腺癌患者中，具有较高的总反应率及病理缓解率，85%的患者出现临床缓解，其中27%达到病理完全缓解，明显高于luminal型乳腺癌。虽然对术前新辅助化疗敏感，病理缓解率高，但在乳腺癌的分子分型中，其预后仍最差。
乳腺癌基因分型能更精确的反应肿瘤的生物学行为，有利于判断预后，选择个性化治疗方法。